Scientific Thinking Literature ReviewSAFE

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The instruction file, verbatim from the audited commit — this is the text the model reads, and the surface the audit's instruction layer examines. Quoted here so you can judge it without cloning anything.

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name: literature-review
description: 学術、生物医学、技術、科学的なトピックに対するシステマティックな文献レビューワークフロー。検索計画、ソースのスクリーニング、統合、引用確認、証拠ログを含む。
origin: community
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# Literature Review

学術的または技術的な文献の本体を検索、スクリーニング、統合、引用するタスクにこのスキルを使用します。

## 使用するタイミング

- システマティック、スコーピング、またはナラティブな文献レビューの構築。
- 研究質問に対する最先端の状態を統合する。
- ギャップ、矛盾、または今後の研究方向性を見つける。
- 論文やレポートの引用に裏付けられた背景セクションの準備。
- 査読済み論文、プレプリント、特許、技術レポートにわたる証拠の比較。

## レビューの種類

- **ナラティブレビュー**: 広範な統合;方向性把握に有用。
- **スコーピングレビュー**: 概念、方法、証拠のギャップをマッピング。
- **システマティックレビュー**: 事前定義されたプロトコル、再現可能な検索、明示的なスクリーニングと除外。
- **メタ分析**: システマティックレビューに量的効果の集計を加えたもの。

どのレベルの厳密さが必要かをユーザーに確認してください。未指定の場合、探索的作業にはスコーピングレビュー、公開または臨床的主張にはシステマティックレビューをデフォルトとします。

## ワークフロー

### 1. 質問の定義

プロンプトを検索可能な研究質問に変換します。

臨床または生物医学的作業には PICO を使用:

- 対象集団(Population)
- 介入または暴露(Intervention or exposure)
- 比較対象(Comparator)
- アウトカム(Outcome)

技術的な作業には以下を使用:

- システムまたはドメイン
- 方法または介入
- 比較ベースライン
- 評価メトリクス

### 2. 検索計画

ソースを収集する前に検索プロトコルを作成します:

- 検索するデータベース
- 日付範囲
- 言語
- 出版種別
- 包含基準
- 除外基準
- 正確な検索文字列

最低限必要なデータベースセット:

- 生物医学・生命科学文献には PubMed。
- CS、数学、物理、定量生物学、プレプリントには arXiv。
- 広範な学術発見には Semantic Scholar または Crossref。
- 臨床試験レジストリ、特許データベース、標準化機関、公式技術ドキュメントなど関連する場合はドメイン固有のソース。

### 3. 検索と証拠のログ

レビューを再現可能にする検索ログを記録します:

```markdown
| データベース | 検索日 | クエリ | フィルター | 結果 | エクスポート |
| --- | --- | --- | --- | ---: | --- |
| PubMed | 2026-05-11 | `("CRISPR"[tiab] OR "Cas9"[tiab]) AND "sickle cell"[tiab]` | 2020:2026, English | 86 | PMID リスト |
| arXiv | 2026-05-11 | `CRISPR sickle cell gene editing` | q-bio, 2020:2026 | 9 | BibTeX |
```

未加工の ID、URL、DOI、アブストラクト、注記を最終的な散文とは別に保存します。

### 4. 重複の排除

以下の順序で重複を排除します:

1. DOI
2. PMID または arXiv ID
3. 正確なタイトル
4. 正規化されたタイトルに加えて第一著者と年

削除された重複の数を記録します。

### 5. ソースのスクリーニング

段階的にスクリーニングします:

1. タイトル
2. アブストラクト
3. 全文

システマティックな作業では、除外理由を記録します:

- 対象集団が異なる
- 介入が異なる
- アウトカムが異なる
- 一次研究でない
- 重複
- 全文が入手不可
- 日付範囲外

### 6. データの抽出

構造化された抽出テーブルを使用します:

```markdown
| 研究 | デザイン | 集団/データ | 方法 | 比較対象 | アウトカム | 主要所見 | 限界 |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| 著者 年 | RCT/コホート/レビューなど | サンプルまたはコーパス | 方法 | ベースライン | 測定されたアウトカム | 結果 | 注意点 |
```

技術論文には、データセット、ベンチマーク、メトリクス、ベースライン、再現性の注記を含めます。

### 7. 統合

論文を一つ一つ要約するのではなく、テーマ別に証拠をグループ化します。

有用な統合の視点:

- 最も強い証拠
- 相反する証拠
- 方法論上の弱点
- 集団またはデータセットの限界
- 最近性と再現性
- 実践的な示唆
- 未回答の質問

信頼度別に主張を区別します:

- **高い信頼度**: 複数のソースにわたって再現された高品質な証拠。
- **中程度の信頼度**: もっともらしいが、サンプル、方法、または最近性によって限定される。
- **低い信頼度**: 初期段階、投機的、単一ソース、または弱い測定。

### 8. 引用の確認

最終化する前に:

- DOI、PMID、arXiv ID、または公式 URL を確認
- 著者名と出版年を確認
- 論文が述べていない主張のために論文を引用しない
- プレプリントはプレプリントとしてマーク
- レビューと一次証拠を区別する

## 出力テンプレート

```markdown
# 文献レビュー: <トピック>

作成日: <日付>
レビューの種類: <ナラティブ | スコーピング | システマティック | メタ分析>
検索期間: <日付>
データベース: <リスト>

## 研究質問

## 検索戦略

## 包含・除外基準

## 証拠のサマリー

## テーマ別統合

## ギャップと限界

## 参考文献

## 検索ログ
```

## 落とし穴

- 検索スニペットを証拠として扱わない。
- プレプリント、レビュー、一次研究にラベルを付けずに混在させない。
- 否定的または相反する所見を省略しない。
- 再現可能なプロトコルなしにシステマティックレビューの厳密さを主張しない。
- 範囲が明示的にそのデータベースに限定されている場合を除き、広範な主張に単一のデータベースを使用しない。

SAFEgrade B · trust 89/100 Nothing in the source contradicts what it says it does. Grade A is reserved for packages that have also passed the behavioural sandbox.

What the source does

Filesystem

none-observed

Network

none-observed

Shell

none-observed

Dependencies

pinned

Secrets in source

none-found

Findings (0)

No findings outside the package's declared scope.

Gates applied: no_behavioural_pass.